La sezione dedicata alla botanica è stata allestita con la nuova inaugurazione del museo.
E’ tuttora in via di allestimento e quindi non ancora completa.

Per ora presenta una ricca raccolta micologica in cui si possono osservare una numerosa varietà di specie dalle più familiari, come il Boletus edulis, detto comunemente porcino, o la famosissima Amanita muscaria conosciuta per il caratterisco colore rosso con macchie bianche; a quelle più rare e particolari come il Clathrus ruber. La collezione può essere usata anche come punto di riferimento per tutti coloro che sono interessati a conoscere quali funghi sono commestibili e quali invece sono tossici.