Il Museo di Scienze Naturali di Voghera nacque nel 1971 quando un gruppetto di amici, appassionati di paleontologia e mineralogia, accomunò le proprie collezioni al fine di renderle visibili a tutti. Venne fondato il Gruppo Geo-Paleontologico Vogherese il quale iniziò a divulgare la conoscenza delle epoche geologiche e fornire un supporto didattico al mondo scolastico.
I primi anni furono sicuramente i più difficili; anche il Prof. G. Pinna collaborò con soci del Gruppo alla realizzazione del museo e sicuramente le sue idee furono fondamentali per lo sviluppo del museo stesso. Nel 1978 il museo era praticamente finito, le sale espositive erano organizzate in modo innovativo e, sicuramente, per l’epoca, all’avanguardia, paragonabili, senza presunzione, a quelle del Museo di Storia Naturale di Milano, di cui era direttore proprio Pinna. La prima sezione ad essere attivata fu quella di paleontologia.

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Oltre alle raccolte paleontologiche sono state allestite altre sale dedicate ad esempio alla mineralogia, collezione per altro incrementata anche di recente da una cospicua donazione di materiale.
Solo intorno agli inizi degli anni ’80 il museo divenne civico, in quanto tutto il materiale venne donato al Comune di Voghera.
Importante ricordare che, dall’anno di fondazione del museo, annualmente viene pubblicata la rivista “Quaderni”. Questa pubblicazione riporta articoli a taglio scientifico inerenti il territorio locale. Dal 2003 è stato nominato anche un comitato scientifico che ha il compito di valutare gli articoli prima della loro pubblicazione, al fine di divulgare solo notizie attendibili e contenuti di un certo livello. Questa rivista è data in scambio ai musei di tutto il mondo; attività che ha permesso alla biblioteca del museo di arricchirsi di quasi duecento titoli provenienti periodicamente da tutto il mondo.
Dal 2007 questa struttura vanta il riconoscimento ufficiale a Museo di Scienze Naturali e fa anche parte del Sistema Bibliotecario dell’Oltrepò (sottosistema Musei), di cui Voghera ne è proprio capofila.