La sale dedicate alla zoologia vantano una considerevole collezione di reperti tassidermizzati, in alcool e modelli, appartenenti a tutte le classi degli animali (dagli insetti ai vertebrati); si possono osservare esemplari di airone cenerino (Ardea cinerea), tarabuso (Botaurus stellaris) e innumerevoli anatidi; rapaci diurni come l’aquila di mare (Haliaeetus albicilla), la poiana (Buteo buteo) e il gheppio (Falco tinnunculus), o notturni come il gufo comune (Asio otus), la civetta (Athene noctua), l’assiolo (Otus scops) o il barbagianni (Tyto alba) e ancora, picchio verde (Picus viridis), martin pescatore (Alcedo atthis) e numerosi limicoli come il cavaliere d’Italia (Himantopus himantopus), la pavoncella (Vanellus vanellus), piviere dorato (Pluvialis apricaria), la pivieressa (Pluvialis squatarola) e il combattente (Philomachus pugnax). Tra i mammiferi possiamo osservare il lupo (canis lupus appenninicus), il tasso (Meles meles), la volpe (Vulpes vulpes), la faina (Martes foina); tra gli invertebrati troviamo piccoli scorpioni, gamberi d’acqua dolce, molluschi e farfalle.
